In Luzern beginnt die Geschichte öffentlicher Gymnasien und Hochschulen vor dem Hintergrund einer dramatischen Polarisierung: Reformation und katholische Reform teilten im 16. Jahrhundert die Eidgenossenschaft gesellschaftlich, religiös und politisch in zwei grosse Blöcke. Die Unterschiede betrafen Religion und Mentalität – aber sie erfassten auch das kulturelle Leben und damit die Bildung. Die Städte Zürich, Bern, Genf und Lausanne gründeten höhere Schulen, in Basel erhielt die Universität ein konfessionell reformiertes Profil. Die katholische Seite geriet ins Hintertreffen und suchte energisch nach Wegen, um den Anschluss wieder zu gewinnen. Eine eigene Bildungseinrichtung für Söhne aus den katholischen Gebieten der Eidgenossenschaft sollte Abhilfe schaffen. Als Standorte wurden zuerst Rapperswil, Bremgarten, Freiburg, Locarno oder Rorschach ins Auge gefasst. Da trat 1570 der Mailänder Erzbischof Kardinal Carlo Borromeo auf den Plan. In der Lombardei und im Tessin hatte er kirchliche und weltliche Einrichtungen mit Erfolg auf eine streng katholische Linie eingeschworen, nun suchte er seinen Einfluss auch nördlich der Alpen geltend zu machen. Er legte den Luzernern nahe, mit dem Jesuitenorden zusammenzuarbeiten. Als intellektuelle Speerspitze der Gegenreformation hatte dieser an neu gegründeten Gymnasien und Hochschulen den Unterricht übernommen – zuerst im deutschsprachigen Gebiet, später in vielen hundert über ganz Europa verteilten Niederlassungen.

Unter Leitung des Schultheissen Ludwig Pfyffer, eines hoch dekorierten früheren Söldnerführers, nahm die Luzerner Regierung ein Projekt in die Hand, beschaffte bei Privaten und kirchlichen Institutionen ein beträchtliches Stiftungskapital und verlangte vom Papst, er möge Jesuiten nach Luzern entsenden. Tatsächlich kamen die ersten drei Patres am 7. August 1574 in die Stadt und liessen sich provisorisch im damals neuen Gasthaus zum Schlüssel nieder. Hier begannen sie mit dem Unterricht in einer einzigen Klasse. Beinahe wäre die definitive Schulgründung gescheitert: Die Jesuiten forderten eine deutlich bessere Ausstattung als die Regierung es vorgesehen hatte. Erst als sie ein Ultimatum stellten und mit Abreise drohten, liess Luzern sich zum Entgegenkommen bewegen. Am 10. Mai 1577 wurde die neue Stiftung besiegelt. Die Regierung übernahm für 20 Lehrer den Unterhalt einschliesslich aller Gesundheitskosten, und sie stellte die notwendigen Einrichtungen zur Verfügung: ein Wohnhaus, ein Schulhaus, eine Kirche und eine Bibliothek. Als Niederlassung und damit als Gebäude für das Kollegium diente das grosszügig angelegte Stadtpalais des Söldnerführers Lux Ritter, des damals reichsten Mannes in der Stadt in Luzern – es ist heute der zentrale Teil des Regierungsgebäudes. Das Schulhaus wurde zwei Jahre später fertig gestellt. Es steht heute noch, hat die Adresse "Bahnhofstrasse 18" und ist Sitz des Bildungs- und Kulturdepartementes. Für den Gottesdienst richtete die Stadt zunächst innerhalb des Ritterschen Palastes eine Hauskapelle ein. Später liess sie eine neue Kirche bauen, die an der Westseite des Kollegiums als Flügel angefügt wurde. Die heute bestehende Jesuitenkirche ist das dritte Gebäude.

Das Jesuitenkollegium führte ein Gymnasium und eine darauf aufbauende höhere Abteilung mit einem Lehrangebot in Philosophie und Theologie. Der Unterricht folgte einer Studienordnung, welche seit 1599 für alle Jesuitenkollegien in Europa einheitlich festgelegt war. Sie ermöglichte eine hohe Mobilität der Lehrer, welche in der Regel alle fünf Jahre von ihren Oberen von einer Stadt in eine andere versetzt wurden und so meist ein Leben als Fremde führten.

Zufällig genau vierhundert Jahre später gab es in Europa mit der "Bologna-Reform" erneut eine Initiative zur länderübergreifenden Vereinheitlichung der höheren Bildung. Diesmal geht es um die Mobilität der Studierenden: Sie sollen aus freien Stücken und aus Interesse innerhalb von Europa den Studienort wechseln können. War es seinerzeit um weltanschauliche Abwehr gegangen, so soll die moderne Vereinheitlichung das wissenschaftliche Niveau der Hochschulen heben und die Konkurrenzfähigkeit Europas in der globalisierten Welt erhöhen.