Der Fachbereich Rehabilitation befasst sich mit der Frage der optimalen Organisation des Gesundheits-, aber auch des Sozial- und Arbeitssystems mit dem Ziel der Optimierung der Funktionsfähigkeit von Menschen mit einer Krankheit, nach einem Unfall und beim Älterwerden. In diesem Bereich arbeitet das Departement eng mit der Schweizer Paraplegiker-Forschung in Nottwil, der einzigen ausseruniversitären Forschungsinstitution in der Zentralschweiz, zusammen. Die wissenschaftlichen Aktivitäten des Fachbereichs sind im neuen Center for Rehabilitation in Global Health Systems, welches seit 2019 auch Kooperationszentrum der Weltgesundheitsorganisation ist, koordiniert.